Khi Nào Được Hoàn Thuế Giá Trị Gia Tăng (GTGT)

Key Takeaways

• Doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT khi có số thuế đầu vào chưa khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên trong các hoạt động xuất khẩu hoặc dự án đầu tư
• Từ 01/07/2025, việc hoàn thuế phụ thuộc vào sự tuân thủ của nhà cung cấp – yêu cầu họ đã nộp đủ thuế và không nợ thuế
• Hai mô hình kinh doanh bị cắt bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT: nhập khẩu rồi xuất khẩu và các giao dịch M&A, tái cấu trúc doanh nghiệp
• Thời gian hoàn thuế GTGT dao động từ 6 ngày (diện ưu tiên) đến 40 ngày (diện kiểm tra), ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền doanh nghiệp
• Việc thành thạo hồ sơ hoàn thuế GTGT và thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng mới sẽ quyết định khả năng tận dụng nguồn vốn này

Hoàn thuế GTGT là việc cơ quan thuế trả lại cho doanh nghiệp số thuế GTGT đầu vào đã nộp nhưng chưa được khấu trừ hết. Việc này giúp đảm bảo dòng tiền cho các hoạt động như xuất khẩu, các dự án đang trong giai đoạn đầu tư, hoặc khi doanh nghiệp giải thể. Bài viết này sẽ hệ thống hóa một cách rõ ràng các trường hợp doanh nghiệp được hoàn thuế, những điều kiện bắt buộc phải đáp ứng theo quy định mới nhất, và các thay đổi cốt lõi có hiệu lực từ tháng 7/2025

4 trường hợp hoàn thuế GTGT doanh nghiệp cần nắm rõ

Theo Luật thuế GTGT số 48/2024/QH-15, có 4 trường hợp chính mà doanh nghiệp có thể được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đủ các điều kiện.

1. Hoàn thuế cho hoạt động xuất khẩu

Doanh nghiệp trong tháng hoặc quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được hoàn thuế theo tháng hoặc quý. Đây là nguồn vốn lưu động quan trọng cho các doanh nghiệp xuất khẩu, giúp bù đắp phần vốn đã bỏ ra mua nguyên vật liệu, dịch vụ đầu vào.

Tuy nhiên, từ 01/07/2025, quy định mới đã bãi bỏ hoàn thuế cho trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác, ngay cả khi việc xuất khẩu được thực hiện tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định. Điều này ảnh hưởng đến mô hình kinh doanh thương mại của nhiều doanh nghiệp.

2. Hoàn thuế cho dự án đầu tư

Doanh nghiệp đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng đang trong giai đoạn đầu tư được hoàn thuế khi có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ dự án chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên. Việc hoàn thuế này được thực hiện sau khi đã bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh hiện tại.

Dự án đầu tư phải là những dự án hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp, bao gồm cả dự án được chia thành nhiều giai đoạn hoặc nhiều hạng mục đầu tư. Quy định này tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong giai đoạn đầu tư, khi chưa có doanh thu nhưng đã phải chi trả nhiều chi phí đầu vào.

3. Hoàn thuế khi giải thể, phá sản

Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi thực hiện thủ tục giải thể hoặc phá sản, nếu có số thuế GTGT đã nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết sẽ được hoàn lại toàn bộ số thuế này. Đây là quy định nhằm đảm bảo quyền lợi của doanh nghiệp khi chấm dứt hoạt động.

Riêng trường hợp tổ hợp tác nộp thuế theo phương pháp khấu trừ chuyển đổi thành hợp tác xã, hợp tác xã được kế thừa số thuế GTGT nộp thừa hoặc chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn thuế theo đúng quy định về quản lý rủi ro thuế.

4. Các trường hợp đặc thù khác

Ngoài 3 trường hợp chính trên, pháp luật còn quy định thêm các các trường hợp được hoàn thuế GTGT đặc thù:

• Chương trình ODA và viện trợ: Các dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ nhân đạo
• Ưu đãi ngoại giao: Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao khi mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam
• Quyết định cơ quan có thẩm quyền: Hoàn thuế theo quyết định đặc biệt hoặc điều ước quốc tế

Mặc dù ít phổ biến, những trường hợp này vẫn có thể ảnh hưởng đến một số doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực đặc thù.

Điều kiện bắt buộc để được hoàn thuế từ 01/07/2025

Để được chấp thuận hoàn thuế, doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời tất cả điều kiện hoàn thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Việc thiếu bất kỳ điều kiện nào cũng có thể dẫn đến từ chối hồ sơ, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến kế hoạch dòng tiền.

Điều kiện cơ bản:

1. Phải nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ
2. Có tài khoản tiền gửi đăng ký theo mã số thuế
3. Lập và lưu giữ đầy đủ theo quy định pháp luật

Điều kiện mới từ 01/07/2025: Tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, nhà cung cấp của doanh nghiệp phải:

• Đã nộp hồ sơ khai thuế GTGT theo quy định
• Không còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tương ứng

Điều kiện này tạo ra rủi ro mới – việc hoàn thuế của doanh nghiệp giờ phụ thuộc vào sự tuân thủ của đối tác. Điều này đòi hỏi hệ thống quản lý tuân thủ hành chính chặt chẽ hơn với các nhà cung cấp.

Cuối cùng, doanh nghiệp phải đáp ứng quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không có hóa đơn, chứng từ từ các hành vi bị nghiêm cấm theo Luật Thuế GTGT 2024.

Thời gian hoàn thuế GTGT là bao lâu

Thời gian hoàn thuế GTGT được phân loại theo mức độ rủi ro của doanh nghiệp, với hai quy trình xử lý khác nhau:

Loại hồ sơ	Thời gian xử lý	Đối tượng áp dụng
Hoàn thuế trước, kiểm tra sau	6 ngày làm việc	Doanh nghiệp tuân thủ tốt, không thuộc diện rủi ro cao
Kiểm tra trước, hoàn thuế sau	40 ngày làm việc	Doanh nghiệp rủi ro cao hoặc có dấu hiệu vi phạm

Sự chênh lệch đáng kể này (6 ngày so với 40 ngày) tác động trực tiếp đến dòng tiền và khả năng thanh khoản. Các doanh nghiệp thuộc diện “hoàn trước, kiểm sau” có lợi thế cạnh tranh rõ rệt về mặt tài chính, trong khi những doanh nghiệp rủi ro cao phải chờ đợi lâu hơn và chịu thêm chi phí kiểm tra.

Điều này nhấn mạnh tầm quan trọng của việc duy trì lịch sử tuân thủ thuế tốt và xây dựng hệ thống quản lý rủi ro thuế hiệu quả để được xếp vào nhóm ưu tiên.

Các trường hợp bị hủy bỏ hoàn thuế

Luật Thuế GTGT 2024 đã thực hiện những thay đổi căn bản, bãi bỏ việc hoàn thuế đối với hai trường hợp từng rất phổ biến. 

1. Bãi bỏ hoàn thuế cho hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu

Từ 01/07/2025, doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa rồi xuất khẩu sang nước khác không còn được hoàn thuế GTGT, bất kể việc xuất khẩu có tuân thủ đúng quy định hải quan hay không.

Trước đây, mô hình này vẫn được hưởng hoàn thuế với điều kiện xuất khẩu tại địa bàn hải quan. Quy định mới hoàn toàn bãi bỏ ưu đãi này, buộc nhiều doanh nghiệp phải tìm kiếm mô hình kinh doanh thay thế.

2. Thu hẹp hoàn thuế khi tái cấu trúc doanh nghiệp

Các trường hợp bị bãi bỏ hoàn thuế:

1. Chuyển đổi sở hữu
2. Chuyển đổi doanh nghiệp
3. Sáp nhập, hợp nhất
4. Chia, tách doanh nghiệp
5. Chấm dứt hoạt động (trừ giải thể, phá sản)

Trường hợp còn được hoàn thuế:

• Giải thể doanh nghiệp
• Phá sản doanh nghiệp

Thay đổi này tác động nghiêm trọng đến các kế hoạch M&A và tái cấu trúc. Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ giờ chỉ được kết chuyển sang kỳ tiếp theo thay vì hoàn bằng tiền mặt, ảnh hưởng đến tính toán giá trị doanh nghiệp và yêu cầu chuẩn bị kỹ càng các thủ tục hành chính trong quá trình tái cấu trúc.

Các quy định hoàn thuế GTGT từ tháng 7/2025 sẽ trở nên chặt chẽ và có chọn lọc hơn đáng kể. Các CEO cần chỉ đạo ngay bộ phận tài chính rà soát lại các kế hoạch dòng tiền liên quan đến hoạt động xuất khẩu và dự án đầu tư, đồng thời xây dựng quy trình đánh giá rủi ro tuân thủ thuế của các nhà cung cấp chiến lược. Chuẩn bị hồ sơ và thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng mới, kết hợp với quản lý tuân thủ hiệu quả, sẽ là yếu tố để bảo vệ vốn lưu động và tránh những gián đoạn tài chính không đáng có trong bối cảnh pháp lý mới.