Doanh Nghiệp Cần Chuẩn Bị Gì Khi Bị Thanh Tra Thuế

Key takeaways

•  Năm 2025, ngành thuế đã thực hiện 65.000 cuộc thanh tra, kiểm tra (đạt 104% kế hoạch), với tổng kiến nghị xử lý 64.900 tỷ đồng, mức cao nhất nhiều năm gần đây.
•  Doanh nghiệp có 03 ngày làm việc để nhận quyết định thanh tra và 15 ngày trước khi quyết định được công bố. Đây là khoảng thời gian duy nhất để khai bổ sung hồ sơ thuế và xin hoãn thanh tra theo Luật Quản lý thuế.
• Giao dịch liên kết tiếp tục là một trong 9 nhóm trọng tâm thanh tra, đòi hỏi hồ sơ xác định giá Local file và Master file đầy đủ theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP để tránh chi phí bị loại trừ.

Thanh tra thuế là hoạt động chuyên ngành nhằm đánh giá toàn diện việc tuân thủ pháp luật thuế và xử lý vi phạm theo Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019 (sửa đổi bởi Luật 56/2024/QH15, có hiệu lực 01/01/2025). Trong bối cảnh ngành thuế tăng cường thanh tra và tổ chức lại bộ máy từ 7/2025, việc chuẩn bị bài bản là yếu tố quyết định giữa thanh tra suôn sẻ và rủi ro truy thu nghiêm trọng.

Các trường hợp bị thanh tra thuế doanh nghiệp

Doanh nghiệp thường nhầm lẫn giữa thanh tra thuế và kiểm tra thuế. Kiểm tra thuế (Điều 109–112) là hoạt động thường xuyên với phạm vi hẹp, áp dụng cho doanh nghiệp rủi ro vừa và nhỏ. Thanh tra thuế (Điều 113–117) có phạm vi toàn diện, kéo dài 30–90 ngày tại trụ sở, chỉ áp dụng khi doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm hoặc thuộc 9 nhóm rủi ro cao.

Theo Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp sẽ thuộc diện thanh tra thuế trong 4 trường hợp cụ thể:

• Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế: Khi cơ quan thuế phát hiện các bất thường trong hồ sơ kế toán, tờ khai thuế hoặc có thông tin báo cáo về việc trốn thuế, gian lận thuế
• Giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc phòng chống tham nhũng: Khi có đơn khiếu nại, tố cáo liên quan đến hoạt động thuế của doanh nghiệp hoặc cần thực hiện các biện pháp phòng, chống tham nhũng
• Theo yêu cầu quản lý thuế dựa trên phân loại rủi ro: Doanh nghiệp được xếp vào nhóm có mức độ rủi ro cao dựa trên hệ thống phân tích dữ liệu của cơ quan thuế. Theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, ngành thuế áp dụng bộ tiêu chí xếp hạng rủi ro và danh sách doanh nghiệp lớn quá 5 năm chưa thanh tra. Năm 2025, kế hoạch thanh tra tập trung vào 9 nhóm trọng tâm gồm doanh nghiệp rủi ro cao, doanh nghiệp lớn chưa thanh tra trên 5 năm, doanh nghiệp có giao dịch liên kết, chuyển nhượng vốn và thương mại điện tử.
• Theo kiến nghị của cơ quan có thẩm quyền: Khi Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Nhà nước hoặc các cơ quan khác có thẩm quyền kiến nghị cần thanh tra thuế

Theo Quyết định 970/QĐ-TCT 2023, một doanh nghiệp có càng nhiều dấu hiệu sau đây thì điểm rủi ro càng cao: doanh thu lớn nhưng nộp thuế thấp bất thường, lỗ kéo dài nhiều năm trong khi quy mô tăng, có giao dịch liên kết chiếm tỷ trọng lớn, có hoạt động chuyển nhượng vốn hoặc phát hành chứng khoán trong năm, hoặc đã quá 5 năm chưa qua thanh tra. Doanh nghiệp có từ 3 dấu hiệu trở lên nên chủ động xem xét dịch vụ tư vấn doanh nghiệp để rà soát trước khi cơ quan thuế đến.

Những hoạt động doanh nghiệp cần chuẩn bị cho thanh tra, kiểm tra thuế

Việc chuẩn bị trước khi làm việc với cơ quan thuế là chìa khóa để bảo vệ lợi ích của doanh nghiệp và giảm thiểu rủi ro pháp lý.

1. Khi nhận quyết định thanh kiểm tra của cơ quan thuế

Khoảng thời gian từ lúc nhận được quyết định đến trước khi quyết định được công bố chính thức là thời điểm quan trọng để doanh nghiệp rà soát và giảm thiểu rủi ro pháp lý.

Theo khoản 3 Điều 114 Luật Quản lý thuế 2019 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật 56/2024/QH15, có hiệu lực 01/01/2025), quyết định thanh tra phải được gửi đến doanh nghiệp chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký. Doanh nghiệp cần kiểm tra ngày ký và ngày nhận để đảm bảo quy trình thông báo là hợp lệ, bảo vệ quyền lợi về thời gian chuẩn bị. Nếu phát hiện nhận quyết định sau thời hạn quy định, doanh nghiệp có quyền gửi ý kiến phản ánh lên cơ quan thuế yêu cầu giải thích hoặc xử lý.

Theo khoản 4 Điều 114 Luật Quản lý thuế, quyết định phải được công bố chậm nhất 15 ngày kể từ ngày ra quyết định. Đây là mốc thời gian pháp lý quan trọng quyết định nhiều quyền lợi của doanh nghiệp. Trước ngày công bố, doanh nghiệp cần tận dụng tối đa để thực hiện hai việc quan trọng:

• Khai bổ sung hồ sơ thuế: Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế, doanh nghiệp vẫn có quyền khai bổ sung hồ sơ để sửa lỗi sau khi nhận nhưng trước khi công bố quyết định. Đây là cơ hội cuối cùng để tự điều chỉnh giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được khấu trừ mà không bị coi là hành vi bị phát hiện qua thanh tra. Sau khi quyết định được công bố, quyền này sẽ không còn hiệu lực đối với việc điều chỉnh có lợi cho doanh nghiệp.
• Xin hoãn thanh tra (nếu cần): Theo khoản 2, khoản 3 Điều 110 Luật Quản lý thuế, nếu có lý do chính đáng như nhân sự chủ chốt vắng mặt, sự kiện bất khả kháng hoặc chưa kịp chuẩn bị hồ sơ, doanh nghiệp có thể gửi văn bản đề nghị lùi thời gian thanh tra. Yêu cầu này phải được gửi đi trước ngày công bố quyết định và cơ quan thuế sẽ phản hồi trong vòng 5 ngày làm việc.

2. Hồ sơ cần chuẩn bị cho cuộc thanh, kiểm tra

Khi thanh tra thuế, cơ quan thuế kiểm tra toàn diện sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ, kê khai thuế TNDN, TNCN, GTGT, giao dịch liên kết và các khoản khấu trừ theo Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019. Doanh nghiệp cần lưu trữ hồ sơ đầy đủ trong 10 năm theo quy định và chuẩn bị 6 nhóm hồ sơ chính dưới đây.

1. Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp

• Giấy phép đăng ký kinh doanh các lần thay đổi
• Điều lệ công ty và phụ lục sửa đổi, quy chế tài chính, quy chế lương thưởng
• Đăng ký tài khoản ngân hàng, danh sách cổ đông/thành viên góp vốn
• Đăng ký hình thức kế toán, phương pháp khấu hao, các quyết định bổ nhiệm, điều động

2. Hồ sơ khai thuế và báo cáo tài chính

• Tờ khai thuế GTGT, TNDN, TNCN theo tháng/quý/năm
• Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn, giấy nộp tiền ngân sách nhà nước các loại thuế
• Báo cáo tài chính năm và phụ lục kèm theo, quyết toán thuế tất cả các loại
• File tổng hợp bảng kê đầu vào, đầu ra, bảng đăng ký định mức giá thành

3. Hồ sơ lương, nhân sự và thuế TNCN (Trọng tâm đặc biệt)

• Danh sách lao động, hợp đồng lao động, quyết định nội bộ về lương thưởng, phụ cấp
• Bảng lương chi tiết từng tháng, bảng chấm công, phiếu chi lương qua ngân hàng/tiền mặt
• Chứng từ khấu trừ thuế, tờ khai quyết toán TNCN, hồ sơ đăng ký người phụ thuộc, giấy ủy quyền quyết toán

Hồ sơ lương và TNCN là khu vực có tần suất sai sót cao nhất do liên quan đồng thời đến nhiều quy định: cơ chế khấu trừ, giảm trừ gia cảnh, ủy quyền quyết toán, người phụ thuộc và các khoản phụ cấp miễn thuế. Một sai sót nhỏ ở bảng lương có thể nhân lên thành con số truy thu lớn khi nhân với toàn bộ lực lượng lao động trong nhiều năm.

4. Sổ sách và chứng từ kế toán

• Hệ thống sổ cái, sổ chi tiết các tài khoản, phiếu thu/chi, nhập/xuất kho, hóa đơn đầu vào – đầu ra đã sắp xếp hợp lý
• Chứng từ ngân hàng, giấy tờ thanh toán, biên bản kiểm kê quỹ, kiểm kê kho, hồ sơ khấu hao tài sản cố định

5. Hợp đồng kinh tế & hồ sơ giao dịch với đối tác

• Hợp đồng mua bán, hợp đồng dịch vụ và phụ lục, biên bản nghiệm thu, bàn giao tài sản, biên bản đối chiếu công nợ
• Thông báo phát hành hóa đơn, hợp đồng đặt in hóa đơn (nếu có)

6. Sổ phụ ngân hàng, dòng tiền và hồ sơ đặc thù

• Bảng sao kê tất cả tài khoản ngân hàng, sổ quỹ tiền mặt, phiếu thu chi
• Hồ sơ vay, chứng từ trả lãi, hồ sơ tài sản cố định, bảng khấu hao, hồ sơ nhập khẩu, xuất khẩu (nếu có)

7. Lưu ý bổ sung theo ngành nghề:

• Doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu cần hồ sơ về hợp đồng ngoại thương, CO, CQ, tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế XNK
• Doanh nghiệp xây dựng, sản xuất cần bổ sung hồ sơ dự toán, biên bản nghiệm thu công trình, hồ sơ giá thành, bảng tính khấu hao, quyết toán công trình
• Nếu sử dụng hóa đơn điện tử: cần chuẩn bị bản điện tử hợp lệ

Các nhóm hồ sơ trên giúp doanh nghiệp chủ động đối chiếu, giải trình số liệu, đảm bảo minh bạch và đầy đủ khi làm việc với đoàn thanh, kiểm tra thuế.

3. Quy trình làm việc với đoàn thanh tra

Việc làm việc với đoàn thanh tra diễn ra theo quy trình bài bản từ công bố quyết định đến xử lý kết quả theo Quyết định 1404/QĐ-TCT 2015 của Tổng cục Thuế.

Bước	Hoạt động chính	Trách nhiệm doanh nghiệp	Thời gian tham khảo
1	Công bố quyết định tại trụ sở	Xác nhận, ký biên bản, đặt câu hỏi làm rõ phạm vi	Trong vòng 15 ngày kể từ ngày ra quyết định
2	Cung cấp hồ sơ và trả lời câu hỏi	Cung cấp đầy đủ, kịp thời, trả lời trung thực	Theo yêu cầu cụ thể của đoàn
3	Phối hợp giải trình	Làm rõ các vấn đề tồn tại, đề xuất phương án xử lý	Trong suốt thời gian thanh tra (30–90 ngày tùy cấp)
4	Ký biên bản tổng kết	Đọc kỹ, ghi ý kiến trước khi đồng ý ký	Sau khi hoàn tất kiểm tra tại trụ sở
5	Thực thi kết luận	Truy thu, nộp phạt, điều chỉnh số liệu hoặc khiếu nại	Theo thời hạn ghi trong kết luận

1. Đoàn thanh tra công bố quyết định, trao đổi phạm vi, thời gian và nội dung thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp. Người đại diện doanh nghiệp xác nhận, ký biên bản và được quyền đặt câu hỏi làm rõ yêu cầu cụ thể.
2. Đoàn kiểm tra sẽ yêu cầu doanh nghiệp cung cấp hồ sơ, sổ sách, chứng từ gốc, hóa đơn, báo cáo tài chính, hợp đồng kinh tế, dữ liệu kê khai thuế và trả lời các câu hỏi liên quan. Doanh nghiệp phải cung cấp đầy đủ và kịp thời, trả lời trung thực. Trường hợp thiếu hồ sơ cần xin bổ sung sau và cam kết thời gian cung cấp rõ ràng.
3. Tất cả giao dịch, câu hỏi và nội dung trao đổi trong phòng kiểm tra đều được ghi nhật ký đoàn và hệ thống dữ liệu nội bộ ngành thuế. Nếu đoàn yêu cầu, doanh nghiệp cần phối hợp giải trình, bổ sung hồ sơ, nhận biên bản ghi nhận các vấn đề còn tồn tại và kiến nghị phương án xử lý nếu có bất đồng.
4. Sau khi hoàn tất kiểm tra, đoàn lập biên bản tổng kết và gửi doanh nghiệp xác nhận. Người đại diện doanh nghiệp nên đọc kỹ nội dung, ghi rõ ý kiến hoặc kiến nghị sửa đổi nếu thấy chưa hợp lý trước khi đồng ý ký biên bản.
5. Nếu có kiến nghị, doanh nghiệp thực hiện truy thu, nộp phạt hoặc điều chỉnh số liệu theo đúng kết luận. Đồng thời, chủ động lưu biên bản, cập nhật hồ sơ, sẵn sàng giải trình tiếp nếu có hậu kiểm hoặc tái kiểm tra. Doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo trình tự pháp luật nếu không đồng ý với kết luận.

Lưu ý về thái độ và tác nghiệp:

• Luôn giữ tinh thần hợp tác, minh bạch, lắng nghe và phản hồi với thái độ bình tĩnh, văn minh
• Cử nhân sự có chuyên môn phụ trách giải trình, chủ động cung cấp hồ sơ, tránh phát sinh mâu thuẫn trong phòng kiểm tra
• Tuyệt đối không tự ý sửa đổi hồ sơ, xóa dấu vết, cung cấp thông tin chưa xác thực

Các vấn đề cần lưu ý với doanh nghiệp có giao dịch liên kết

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần đặc biệt chú ý đến vấn đề kê khai, xác lập giá, chuẩn bị hồ sơ kỹ lưỡng và tuân thủ các quy định về quản lý thuế để phòng tránh rủi ro chuyển giá, thất thoát ngân sách và bị truy thu, xử phạt khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra. Đây là một trong 9 nhóm trọng tâm trong kế hoạch thanh tra 2025 của ngành thuế, bên cạnh các nhóm doanh nghiệp lớn chưa thanh tra trên 5 năm và doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng vốn, phát hành chứng khoán.

Kê khai giao dịch liên kết và xác lập mối quan hệ. Doanh nghiệp phải kê khai đầy đủ thông tin về các bên liên kết, các giao dịch liên kết trong Phụ lục I, II, III của Nghị định 132/2020/NĐ-CP và nộp kèm với hồ sơ quyết toán thuế TNDN hàng năm. Việc xác định đúng các trường hợp phát sinh giao dịch liên kết (cùng sở hữu >25% vốn, điều hành, bảo lãnh tài chính) là yếu tố then chốt để tránh sai sót.

Lập và lưu trữ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Doanh nghiệp phải chuẩn bị hồ sơ quốc gia (Local file), hồ sơ lợi nhuận liên quốc gia (Master file, Country by Country Report) nếu thuộc diện phải lập. Dữ liệu so sánh phải trung thực, đúng thực tế, sử dụng phương pháp xác định giá phù hợp. Cần tuyệt đối tránh trường hợp lấy số liệu sai lệch hoặc không rõ nguồn gốc.

Chi phí bị loại trừ khỏi chi phí hợp lý. Một trong những vấn đề phức tạp trong thuế thu nhập doanh nghiệp là các khoản chi trả cho bên liên kết không phục vụ sản xuất kinh doanh, hoặc không góp phần tạo doanh thu, không có giá trị thực tế sẽ bị loại trừ khi xác định chi phí được trừ. Các chi phí phát sinh với bên liên kết là cá nhân/tổ chức cư trú tại nước thuế suất thấp, miễn thuế hoặc vùng lãnh thổ ưu đãi thuế dễ bị loại trừ nếu không chứng minh được giá trị, dịch vụ thực tế.

Quản lý rủi ro chuyển giá và các điểm cần phòng tránh. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết chiếm tỷ trọng lớn, có kết quả kinh doanh lỗ nhiều năm, doanh thu cao nhưng số thuế phải nộp thấp dễ bị thanh tra, kiểm tra trọng tâm. Cần rà soát giao dịch dịch vụ, bản quyền, chi phí tài chính phát sinh với bên liên kết, đặc biệt những khoản có giá trị lớn, chưa thể hiện rõ hiệu quả kinh doanh.

Báo cáo và giải trình với đoàn kiểm tra/thanh tra thuế. Doanh nghiệp cần chủ động chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, sẵn sàng giải trình nguồn gốc số liệu, lý do chọn phương pháp định giá, minh bạch về lập báo cáo so sánh với thị trường ngoài. Trường hợp bị yêu cầu điều chỉnh hoặc bị loại trừ chi phí, cần cập nhật, bổ sung báo cáo, tuyệt đối không cung cấp thông tin giả tạo hoặc không nhất quán.

Tác động của việc tổ chức lại bộ máy ngành thuế đến công tác thanh tra 

Ngành thuế trải qua hai lần tổ chức lại lớn năm 2025: từ 01/3/2025, 63 Cục Thuế sáp nhập thành 20 Chi cục khu vực (Nghị định 29/2025/NĐ-CP); từ 01/7/2025, tổ chức lại thành 34 Cục Thuế tỉnh/thành và 350 Chi cục cơ sở (Quyết định 2229/QĐ-BTC ngày 30/6/2025).

Đối với doanh nghiệp đang trong quá trình thanh tra hoặc nhận quyết định thanh tra, hai mốc tổ chức lại này tạo ra ba điểm cần lưu ý. Thứ nhất, cần xác minh cơ quan thuế nào hiện có thẩm quyền quản lý mã số thuế sau quá trình bàn giao.

Thứ hai, theo Công văn 1012/TCT-TTKT ngày 28/02/2025, các quyết định thanh tra chưa ban hành trước thời điểm sáp nhập sẽ được rà soát lại và có thể thay đổi phạm vi. Thứ ba, doanh nghiệp nên yêu cầu xác nhận bằng văn bản từ đơn vị tiếp nhận để tránh bị thanh tra hai lần cùng nội dung.

Một cuộc thanh tra thuế là bài kiểm tra năng lực quản trị của doanh nghiệp. Hãy bắt đầu bằng việc yêu cầu bộ phận Nhân sự và Tài chính đối chiếu toàn bộ hồ sơ thuế TNCN, đảm bảo mọi khoản chi trả đều có căn cứ pháp lý vững chắc và được kê khai đầy đủ.Đồng thời, việc tìm hiểu về dịch vụ tư vấn tuân thủ chuyên nghiệp cũng là một lựa chọn thông minh để đảm bảo doanh nghiệp luôn sẵn sàng đối mặt với bất kỳ cuộc thanh tra nào. Sự chuẩn bị chủ động là cách tốt nhất để biến rủi ro thành cơ hội khẳng định tính minh bạch và chuyên nghiệp.